Le principe du Danmaku reste en marche, mais l'écran est scindé. Vous combattez en permanence un boss controlé par l'IA (ou par un joueur si vous jouez en ligne) qui vous envoie des balles supplémentaires sur l'écran, et vous pouvez faire de même jusqu'à que l'un de vous y passe.
a) Attaque chargée
Contrairement au Danmaku classique, rester appuyé sur W chargera votre tir. Pour continuer à utiliser un tir rapide, il faudra "mitrailler" W.
Les tirs chargés ont 4 niveaux, déclenchés selon le temps de maintien de W et le nombre d'ennemis tués.
- Tir Chargé (1 Barre de charge) : Un tir renforcé, chaque personnage en possède un différent, décrit sur le menu de sélection des personnages. Sert à tuer les ennemis sur votre écran.
- Spell Card 1 (2 Barres) : Une spellcard faisant apparaitre des balles sur l'écran adverse et faisant disparaître les balles de votre écran dans un petit rayon autour de votre personnage.
- Spell Card 2 (3 Barres) : Une spellcard faisant apparaître beaucoup de balles sur l'écran adverse et faisant disparaître les balles de votre écran dans un large rayon autour de votre personnage.
- Boss Summon (4 Barres) : Toutes les balles de votre écran disparaissent et un boss apparaît sur l'écran adverse pour le mitrailler de balles.
- Boss Counter (4 Barres si un boss est sur votre écran) : Le boss ennemi disparaît et votre invocation apparaît sur l'écran adverse avec une puissance renforcée.
La bombe existe aussi (Toujours X) et déclenche immédiatement le niveau de charge maximal disponible. Elle est disponible à partir du niveau de charge 2. Cependant au lieu de retomber à 1 (Tir chargé) vous retomberez à 0, rendant la charge plus longue par la suite.
b) Puissance d'attaque
Plus le combat est long, plus les Spell Cards/Boss Summon gagnent en puissance. Le chiffre indiqué à gauche de votre barre de charge indique le niveau de puissance de votre Spell Card, et celui à gauche indique celui de votre Boss Summon.
Le niveau augmente à chaque Spell Card/Boss Summon déclenché.
c) Objets
En tuant manuellement un boss ennemi, vous obtenez un objet bonus.
Symbole Bleu : Augmente votre combo de 100 coups, augmentant votre vitesse de charge
Symbole Rouge : Fait apparaître des balles sur l'écran ennemi
Symbole EX : Fait apparaître des tirs spéciaux sur l'écran ennemi. Chaque personnage a un tir spécial différent.
Symbole F : Charge entièrement votre barre de charge.
d) Lily White/Lily Black
Dans Touhou 9, cette personnage supplémentaire s'invitera parfois pour rajouter des balles sur l'écran des deux joueurs. La tuer vous donne un objet bonus.